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国标功能菌的含量为2亿/克，这是微生物肥料类中功能菌含量高的一种，是少量使用的。主要用途是与其他畜禽粪便、植物秸秆及其他动植物残体一起施用，或者发酵起到腐熟和补充有益功能菌的作用。菌剂一般包装小2-5公斤，亩用量也是2-10公斤就可以了。菌肥是老百姓和部分经销商对微生物肥料的简称，是指目标微生物经工业化生产扩繁后与营养物质等复合而成的、含有该培养物活体的制品，它在单位面积上的用量较大，目前可分为复合微生物肥料、生物有机肥和农用微生物菌剂，即涵盖菌剂。
目前新的研究发现，多种功能协同的枯草芽孢杆菌复配，能大大提高产品性能。而限于研发及资源整合能力，市场上复配产品基本上是盲目混合而成，缺乏对菌株间协同拮抗性能和菌株特性的研究，导致功能稳定性差、无法协同增效。而国外应用的芽孢产品研究较为充分。在枯草芽孢杆菌繁殖过程中，液体和固体发酵工艺各有优势（如表1）。液体发酵扩增速度快、固体发酵获得产物酶系更丰富。因此市场上优质厂家会采用固液联合发酵工艺，使其优劣势互相补充。
复合微生物肥料：目的为生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。生物有机肥：特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源，并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。菌剂是农用微生物菌剂的简称，对应的标准是《农用微生物菌剂》（即微生物接种剂）（gb 20287-2006），是指1种或1种以上的目标微生物经工业化生产扩繁后直接使用或仅与利于该培养物存活的载体吸附所形成的活体制品，它是菌肥大类的其中一种。
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